Arnarvatn stóra er stöðuvatn á Arnarvatnsheiði. Arnarvatn er 540 m.y.s og er um 4,3 km² að flatarmáli. Nokkrar víkur eru á vatninu m.a. Sesseljuvík þar sem Austurá rennur úr vatninu, sunnan við vatnið er Hólmavík þar sem Skammá rennur í vatnið en hún á upptök sín í Réttarvatni sem liggur suður af Arnarvatni. Hægt er að aka að Arnarvatni eftir vegi F578, bæði úr Miðfirði og frá Húsafelli.