Útgáfa síðunnar 15. febrúar 2017 kl. 11:57 breyta 157.157.57.13 (spjall) →‎kuka raðgreining Merki: Sýnileg breyting ← Eldri breyting		Útgáfa síðunnar 15. febrúar 2017 kl. 11:58 breyta taka aftur þessa breytingu HakanIST (spjall \| framlög) 63 breytingar m Tók aftur breytingar 157.157.57.13 (spjall), breytt til síðustu útgáfu Addbot Nýrri breyting →
Lína 31: Úrvinnsla gagna úr þessum nýju raðgreiningaaðferðum fer eftir því hvaða tækni er notuð. Úrvinnsla SOLiD gagnanna er t.d. mjög sérstök á meðan raðir úr 454 og Illumina má meðhöndla á svipaðan hátt og FASTA skrár, og byggja úr þeim [[DNA samfella\|DNA samfellur]]. == ~~Illuminati~~Illumina-raðgreining == {{aðalgrein\|~~Illuminati~~Illumina-raðgreining}} ~~Illuminati~~Illumina raðgreining var upphaflega nefnt Solexa-raðgreining eftir fyrirtækinu (Solexa) sem fann aðferðina upp. Um er að ræða raðgreiningaraðferð sem tilheyrir þriðju kynslóð (next generation) raðgreiningaraðferða. Fyrst eru stuttar raðir, viðhengi, (adaptors) festar við DNA-bútanna sem skal raðgreina. Þeim er síðan komið fyrir á flögu sem hefur raðir sem geta basaparast við viðhengin, bútarnir festast því á báðum endum og mynda einskonar brú. PCR-hvarf er sett af stað og þar sem DNA-bútarnir komast ekki langt án þess að festast aftur við flöguna myndar hver bútur einskonar kóloníu af samsvarandi bútum (polonies). Raðgreiningin sjálf hefst með því að dNTP með flúrmerki og verndarhóp skellt á flöguna. Siðan er flúrmerkið mælt áður en verndarhópurinn er tekinn af og næsta basi getur bundist. Fyrir hverja poloníu er raðgreint frá báðum endum þar sem búturinn er til staðar í báðum stefnum eftir PCR-hvarfið. Samkvæmt heimasíðu Illumina er þannig hægt að raðgreina allt að 150 bp frá hvorum enda á hverjum DNA bút og fá allt að 640 milljón raðir í einni keyrslu. Hámarkslengd raða og fjöldi í hverri keyrslu er eykst samt stöðugt með framförum í tækni. == ~~kúka~~454 raðgreining == {{aðalgrein\|454 raðgreining}} 454 raðgreining er aðferð sem tilheyrir háafkasta DNA-raðgreiningar aðferðum. Með þessari aðferð eru límdar stuttar raðir, viðhengi, (e. adaptors) á DNA-búta svo þeir bindist með basapörun við örsmáar kúlur. Styrkur kúlanna og DNAsins er hafður þannig að sirka ein DNA-sameind bindist á hverja kúlu. Kúlurnar eru síðan settar í olíudropa og PCR-hvarf sett af stað til að auka magn einstakra DNA-búta. Kúlunum er síðan komið fyrir á plötu með örsmáum holum sem taka einungis eina kúlu stærðar sinnar vegna. Síðan er notast við pyroraðgreiningu (pyro sequencing) til að raðgreina samtímist allar DNA-sameindirnar á plötunni, sem eru fjöldamargar. Pyro-raðgreining byggir á því að við DNA-fjölliðun losnar pyrofosfat (PPi), sulfurylasi umbreytir því svo í ATP sem lúsíferasi notar svo til að framleiða ljós. Aðeins einni gerð af dNTP er hleypt á plötuna í einu og því berst einungis ljós frá þeim holum þar sem tilsvarandi dNTP er bætt við röðina. Styrkur ljósins ræðst svo af fjölda eins núkleotíða í röð. Meðallengd reada er um 400 bp með þessari aðferð en hægt er að raðgreina tæpa milljón reada samtímis samkvæmt heimasíðu framleiðands.

„DNA-raðgreining“: Munur á milli breytinga