„DNA-raðgreining“: Munur á milli breytinga
Efni eytt Efni bætt við
Ekkert breytingarágrip |
Ekkert breytingarágrip |
||
Lína 21:
Phred er forrit sem les inn flúrmælingar (trace files) og ákvarðar basaröð úr Sanger-raðgreingu. Hver basi fær einnig gæðaeinkunn.
Phrap er forrit til að raða saman stöku röðum (reads) í contig í búta raðgreingu (shotgun sequencing). Phrap notast við gæðaeinkunina frá Phred þegar raðað er saman.
Þegar frumgögnin hafa verið unnin fæst FASTA röð fyrir hvern raðgreindan DNA bút. Þessar raðir má síðan vinna með, t.d. að raða saman í [[DNA samfella|DNA samfellu]] (contig), og byggja upp heilstæða mynd af genum og erfðamengjum.
==Næsta kynslóð DNA raðgreininga (Next generation sequencing)==
Lína 29:
*Verið er að þróa aðferðir sem geta lesið lengri DNA-búta og á ódýrari hátt en þekkist í dag. Raðgreining með nanopores eða öropum er aðferð þar sem breyting í rafstraumi í miðu opsins þegar basi fer í gegnum það gerir mönnum kleift að finna út röðina.
* Þær aðferðir sem lengst eru komnar, eru 454 raðgreining, Illumia-raðgreining og [http://en.wikipedia.org/wiki/ABI_SOLiD ABI SOLiD raðgreining].
Úrvinnsla gagna úr þessum nýju raðgreiningaaðferðum fer eftir því hvaða tækni er notuð. Úrvinnsla SOLiD gagnanna er t.d. mjög sérstök á meðan raðir úr 454 og Illumina má meðhöndla á svipaðan hátt og FASTA skrár, og byggja úr þeim
==Illumina-raðgreining==
| |||